La Faculté des sciences humaines de l’Université Saint-Paul offre des programmes menant au diplôme d’études supérieures en counselling de couple et spiritualité, au diplôme d’études supérieures accompagnement et spiritualité en soins palliatifs ainsi qu’au grade de maîtrise ès arts (M.A.) en counselling et spiritualité, tous conférés conjointement par le Sénat de l’Université Saint-Paul et par celui de l’Université d'Ottawa avec laquelle l’Université Saint-Paul est fédérée. L’objectif de ces programmes en counselling et spiritualité est de former des spécialistes qui guident et conseillent les couples ou les individus quant à leurs valeurs, leur spiritualité et leur dynamique personnelle ou de couple.

L'étude du droit canonique consiste principalement en l'étude du Code de droit canonique. Plusieurs disciplines y sont reliées : Théologie du droit canonique, philosophie du droit, concepts fondamentaux du droit romain, éléments de droit civil, histoire des structures canoniques fondamentales en droit canonique, histoire des sources du droit canonique, la relation entre l'Église et la société civile, la pratique canonique administrative et judiciaire. On y fait également l'introduction au Code des canons des Églises orientales, l'étude du Latin ainsi que des cours optionnels, des exercices et des séminaires. Offerts par la Faculté de droit canonique, les programmes ecclésiastiques de droit canonique permettent également aux étudiants de recevoir des diplômes civils tels que le Diplôme d'études supérieures en droit canonique, le Diplôme d'études supérieures en pratique canonique ou le Diplôme d'études supérieures en administration ecclésiastique, et la Maîtrise en droit canonique.

La Faculté de philosophie de l’Université Saint-Paul offre les programmes de diplôme d’études supérieures ainsi que de maîtrise ès arts (M.A.) en éthique publique. L’éthique est une discipline qui étudie et analyse le comportement des êtres humains, leurs valeurs, leur façon d’agir et d’être, tout en considérant la société dans laquelle ils vivent. L’éthique vise à répondre aux questions : « Comment bien vivre ? », « Comment bien agir ? ». Les programmes comprennent des cours et un séminaire, une réflexion sur l'expérience pratique et des recherches en éthique publique. Les programmes sont destinés à des étudiants qui désirent se spécialiser en éthique publique au niveau des études supérieures ou à se préparer à des études doctorales; à des professionnels en milieu de carrière qui désirent réfléchir à leur expérience professionnelle, consolider leurs acquis et développer ou réorienter leur carrière.

L’Université Saint-Paul offre une maîtrise ès arts (M.A.) en études de conflits. Le grade est conféré conjointement par les Sénats de l'Université Saint-Paul et de l'Université d'Ottawa. Le programme accorde une attention particulière aux distinctions relatives à l’identité ethnique et religieuse qui sont présentes dans de nombreux conflits. Le programme vise à la fois la compréhension et la mise en place de processus de réconciliation, de guérison et de changement structurel. Il s’inspire, comme d’autres programmes en études de conflits, des sciences sociales, auxquelles il unit la philosophie, la théologie et l’éthique.

La Faculté des sciences humaines de l’Université Saint-Paul offre des programmes de deuxième cycle au niveau du diplôme d’études supérieures en développement d’organisations sociales, de la maîtrise ès arts (M.A.) en innovation sociale, et du doctorat (Ph.D.) en innovation sociale. Structuré selon une logique qui valorise le rapport entre la théorie et la pratique, ces programmes permettent aux étudiants d’acquérir les principales grilles d’analyse et les approches requises pour répondre aux défis actuels des organisations sociales, ainsi que de mieux comprendre la dynamique et les impacts multiples des innovations sociales pour mieux les évaluer et structurer plus efficacement. Ces programmes visent une clientèle spécifique : Les personnes souhaitant travailler dans le cadre des changements sociaux ainsi que les personnes œuvrant déjà dans le domaine (employés et cadres d’organisations sociales, entrepreneurs sociaux, activistes, travailleurs et travailleuses communautaires, syndicalistes, membres de coopératives et même certains travailleurs du secteur public et parapublic) qui souhaitent acquérir des capacités en recherche et analyse visant l’innovation et la transformation sociale.

L'Université Saint-Paul, par le biais de ses facultés des Sciences humaines, de Théologie, de Philosophie et de Droit canonique, offre un doctorat de recherche interdisciplinaire en enjeux sociaux contemporains. Ce diplôme est conféré conjointement par le Sénat de l’Université Saint-Paul et par celui de l’Université d'Ottawa conformément à l’entente de fédération qui lie les deux établissements. Le doctorat de recherche interdisciplinaire offre un espace de réflexion pour mieux comprendre les enjeux sociaux contemporains en s’inspirant des acquis propres aux disciplines des études supérieures dans les quatre facultés participantes. Le programme forme des leaders ayant l’intention d’assumer des responsabilités face aux enjeux sociaux contemporains.

La Faculté de théologie à l’Université Saint-Paul offre une variété de programmes aux cycles supérieurs joignant la pensée critique à la foi. L’Écriture et la Tradition constituent les fondements essentiels de la théologie. À la Faculté de théologie, la recherche théologique est enrichie par une connaissance approfondie des sources bibliques et patristiques, en accord avec la tradition intellectuelle catholique. La Faculté de théologie valorise la recherche et l’enseignement solides au service de l’Église et du bien commun de la société. Elle offre une variété de programmes pour les personnes qui se préparent à un ministère particulier ou qui poursuivent l’étude critique dans un des champs de la théologie, incluant les études bibliques, les études du christianisme oriental, l’éthique, la spiritualité, la théologie systématique et historique, ainsi que la théologie pratique.

La Faculté des sciences humaines de l’Université Saint-Paul offre la maîtrise ès arts (M.A.) en leadership transformatif et spiritualité. Ce diplôme souligne la transformation personnelle et sociale, l’analyse critique et l’apprentissage pratique de base. Intégrant les dimensions spirituelle, éthique et transformatrice du leadership, ce programme est conçu pour renforcer les aptitudes de leadership afin d’encourager les changements personnels, sociaux, culturels et systémiques nécessaires pour relever les défis du 21e siècle. Il permet aux participants d’identifier et de développer leurs aptitudes de leadership afin de devenir des agents de transformation dans leurs environnements respectifs.